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  安庆医药高等专科学校前身是安徽省安庆卫生学校。办学历史可以追溯到1943年诞生于抗日烽火中的安徽省“省立立煌高级助产护士职业学校”,是全省最早开办的公立医学教育学校。1945年,开办药剂专业,开安徽省药学教育之先河,易名“安徽省立煌高级医事职业学校”。抗战胜利后,1946年,学校随省政府迁至合肥,改名“安徽省立高级医事职业学校”,因校舍不适用,又迁到安庆,更名“安徽省立安庆高级医事职业学校”。
  
  1952年,定名“安徽省安庆卫生学校”。1958年,经安徽省人民委员会批准,成立安庆医专,与安庆卫校两校一址,对外两块牌子,对内统一管理、统一调配、资源共享、相互依托。1962年安庆医专停办。1966年,受文革冲击,学校停止招生。1972年恢复办学。

  1977年,恢复中专统招制度,学校迎来快速发展的新时期。八十年代对大部分校舍设施进行了更新。1990年,全省卫生中专学校办学评估,居全省14所中等卫生学校之首。2000年,安徽省人民政府确定学校为省重点中专学校,2004年国家教育部授予国家级重点中等职业学校。经不懈努力,学校于2007年3月,经国家教育部和安徽省人民政府批准,由安庆卫生学校独立升格为安庆医药高等专科学校,填补了皖西南医药高等教育空白。